La Rectoría es el órgano que gobierna la universidad a través del rector y su equipo. Algunas de sus múltiples funciones son:
Es quien ejerce el gobierno de la Universidad.
Es nombrado por la autoridad eclesiástica competente, según las normas que establece la Santa Sede, y dura cinco años en el ejercicio de sus funciones, pudiendo ser designado nuevamente.
La Prorrectoría es una unidad ejecutiva de apoyo directo al gobierno del rector y le corresponde coordinar la labor desarrollada por las otras unidades de la Rectoría. Define y supervisa las tareas de análisis institucional, el fomento a la calidad de vida de los alumnos, la gestión de los sistemas de bibliotecas y la participación de la Universidad en las políticas públicas y las relaciones internacionales.
Complementa la labor de la Prorrectoría, concentrándose en la vinculación con las entidades relacionadas con la Universidad y en aspectos particulares de gestión y desarrollo institucional. Junto a la Prorrectoría y la Vicerrectoría Económica debe velar por el avance y cumplimiento del plan de desarrollo.
Es la unidad encargada de elaborar y ejecutar la política académica de la Universidad. Es liderada por el vicerrector o vicerrectora académica. Entre algunas de sus funciones se encuentran proponer las políticas de docencia universitaria, de la carrera académica, de la admisión estudiantil, de inclusión y de convenios con otras instituciones.
Es la unidad liderada por el vicerrector o vicerrectora de Investigación. Está encargada de elaborar y ejecutar la política de doctorado, investigación e innovación de la Universidad. También le corresponde el fomento y la ejecución de las políticas académicas respecto de las publicaciones, la creación artística y la propiedad intelectual. Además se encarga del funcionamiento y coordinación de todas las actividades de investigación multidisciplinarias organizadas en centros.
Es la unidad encargada de liderar y ejecutar las políticas de relaciones internacionales de la Universidad. Liderada por el vicerrector o vicerrectora de Asuntos Internacionales, debe representar a la Universidad ante agencias e instituciones internacionales, gestionar los programas de intercambio tanto de estudiantes como de académicos, atraer a estudiantes extranjeros y fomentar la internacionalización hacia el interior de la institución.
Es la unidad encargada de elaborar y ejecutar la política económica de la Universidad. Es liderada por el vicerrector o vicerrectora económica y debe proponer las políticas presupuestarias, financieras, económicas, de personal, infraestructura e informática. Prepara y presenta el presupuesto universitario y se encarga de los procesos de auditoría y contraloría interna. También administra los bienes inmuebles y todos los proyectos de arquitectura y construcción de la Universidad.
Es la unidad encargada de elaborar y ejecutar la política de comunicaciones, extensión educación continua, editorial, marketing y de vinculación con los exalumnos de la Universidad. Está liderada por el vicerrector o vicerrectora de comunicaciones. Debe diseñar, organizar y coordinar las políticas de comunicación y marketing. Está encargada de comunicar a la comunidad nacional e internacional, las actividades e investigaciones que desarrollan las facultades.
También desarrolla las políticas de educación a distancia, las actividades editoriales y la relación con los egresados.